L'analyse des bactéries hétérotrophes aérobies ou anaérobies facultatives (BHAA) permet d'évaluer la qualité microbiologique du sol et de l'eau. Ces bactéries jouent un rôle important dans la dégradation de la matière organique et le recyclage des nutriments dans l'environnement. La présence et l'activité de ces bactéries sont des indicateurs clés de la qualité du sol, de la fertilité et de la santé des écosystèmes aquatiques. Les méthodes d'analyse courantes comprennent le dénombrement sur les milieux sélectifs, la culture sur plaques, la cytométrie en flux et les techniques moléculaires basées sur l'ADN.